1. Sejtlízis és fehérjedenaturáció
A plazmid-DNS-kivonás kezdeti szakaszában a sejteket lizálni kell, hogy a benne lévő DNS felszabaduljon. Ezt a folyamatot általában nagy koncentrációjú sók, detergensek vagy enzimek használatával érik el. Ebben a folyamatban a Tris fő szerepe az, hogy az oldat pH-ját stabilan tartsa, így megvédje a DNS-t a lízis során keletkező savas környezettől. Ezen túlmenően, a Tris segíthet a DNS izolálásában a lizátumokból a fehérjékhez való kötődés és denaturálás révén.
2. DNS szolubilizálás és stabilizálás
A sejtlízis után a plazmid DNS-t lizálni kell, és el kell különíteni a többi sejtkomponenstől. Ezt az eljárást általában nagy koncentrációjú só vagy mosószer használatával érik el. Ebben a folyamatban a Tris fő szerepe az, hogy megfelelő ionerősséget és pH-környezetet biztosítson a DNS szolubilizációjának és stabilizálásának elősegítése érdekében. A Tris hidroxil- és aminocsoportjai hidrogén- és ionos kötéseket tudnak kialakítani a DNS-molekulákkal, amelyek stabilizálják szerkezetét és megakadályozzák lebomlását. Ezenkívül a Tris tovább védheti a DNS-t a lebomlástól azáltal, hogy gátolja a nukleázok aktivitását.
3. DNS tisztítás és kinyerés
Miután a plazmid DNS-t izoláltuk a lizátumból, gyakran egy sor tisztítási lépésre van szükség a maradék fehérjék, RNS és egyéb szennyeződések eltávolításához. Ezek a lépések magukban foglalják a fenol/kloroform extrakciót, az etanolos kicsapást stb. Ebben a folyamatban a Tris fő szerepe az, hogy az oldat pH-ját stabilan tartsa, így megóvja a DNS-t a tisztítás során esetlegesen fellépő savas vagy lúgos környezettől. Ezenkívül a Tris segíthet a tiszta plazmid DNS kinyerésében az oldatból azáltal, hogy a szennyeződésekhez kötődik, és lehetővé teszi azok kicsapódását.
